神舟六号飞船，由三个舱段构成。轨道舱、返回舱和推进舱。从外形上看，它与神舟五号飞船相比，取消了附加段。
　　
　　由于飞行状态发生变化，两名航天员首先进入返回舱发射升空，入轨以后再进入轨道舱工作和生活，返回时，回到返回舱。因此，神舟六号更多的改进在飞船内部进行，尤其是轨道舱以及返回舱，加强了人性化的设计。
　　
　　飞船系统总指挥尚志介绍说：“神舟六号和跟神舟五号相比，主要是航天员在舱内活动空间要扩展，在人性化设计方面我们是重点加强了。比如，我们今年搞了内装修，尤其航天员在轨道舱要进行生活工作，周边航天员睡觉的环境更有利于不要让航天员产生碰撞，另外在视觉上让航天员产生舒适感，这些方面都进行了工效学评价。”
　　
　　两名航天员在舱内工作和生活的设施，都有细致入微的安排。甚至连取放东西，神舟六号飞船里也使用了更方便的办法。
　　
　　飞船系统副总设计师杨宏详细解释：“神舟五号时候我们采用了一种抽屉式的包装方式，原来这种方式在地面上我们用起来非常方便，但是神舟五号飞行实验下来发现这种方式，据航天员讲并不是很方便，这个主要是空间微重力的影响，航天员建议改成一种软布包的方式，用绳子捆扎，这种方式取放东西和固定东西都很方便。”
　　
　　同样根据航天员杨利伟反馈的信息，为了解决神舟五号飞船入轨以后舱内起浮尘的问题，神舟六号飞船在出厂前，一直采用新方式除尘，提高舱内的洁净度。
　　
　　我们这两条不锈钢管子上去，都是我们这次专门为了除尘，在总装操作、电磁过程中我们一直在做除尘。而且不一样的是，原来神五的时候除尘换气用的是负氧，现在我们用负氮，基本是吹，用正面吹，上面可以吸，就是这么一个循环。这次各方面考虑的比较多一点。“神舟”六号飞船总装设计师孙悦年说道。
　　
　　飞船是一个复杂而精密的系统，在神舟五号的基础上，神舟六号飞船在可靠性和安全性方面更上层楼。特别是对航天员的一些操作，进一步排除了不可靠的因素。
　　
　　飞船系统副总设计师杨宏：“比如，航天员在返回之前，他的座椅要进行提升，这个提升需要航天员手动发出一个指令，也就是手臂要伸出去发这个指令，在这种情况下，按下指令的同时，座椅要提升，这个时候航天员的手臂会磕碰到其他设备，产生安全上的隐患，根据这个问题，我们就把相关的指令做成一个独立的开关，由航天员握在手里，这样航天员发出指令就不用手臂伸出去，确保他的安全。”
　　
　　杨宏，1963年11月生于吉林省通化市，1984年毕业于西安电子科技大学通信工程学院信息论专业，分配到铁道部科学研究院工作。1991年在中国空间技术研究院获硕士学位。1991年起开始新型返回式卫星的研制工作，1992年进入中国载人飞船总体室从事飞船总体设计工作。现任中国空间技术研究院研究员，“神舟”号飞船系统副总设计师。先后获国防科工委二等奖一次，三等奖三次，1996年荣获中国空间技术研究院“十佳青年”称号，1999年荣获总装备部“载人航天工程第一次飞行试验”突出贡献奖，荣立一等功。